06/09/2020 – Dr. Juan García Puig
PCR es el acrónimo de Polymerase Chain Reaction. La polimerasa es una enzima que multiplica exponencialmente el número de copias de un fragmento de DNA. Se podría decir que actúa como una “fotocopiadora”. La técnica que se está empleando para saber si una persona está o no infectada por el virus SARS-CoV-2 se denomina RT-PCR. RT es el acrónimo de Reverse Transcriptase (transcriptasa reversa), que es un paso previo a la actuación de la enzima PCR. El virus SARS-CoV-2 es un virus RNA (hay virus RNA y DNA [por ejemplo, los virus herpes]) (Figura 1).
Para saber si una muestra biológica humana (del fondo de la nariz, de la faringe, o saliva) tiene o no fragmentos del genoma del virus RNA, se añade a esa muestra la enzima transcriptasa reversa (RT). Esta enzima transforma el supuesto RNA del virus que puede esatr en esa muestra en DNA (técnica de RT). Tras una serie de procesos, ese DNA se “amplifica / fotocopia”, generando muchas copias idénticas, gracias a otra enzima, la PCR.
Una vez que suponemos que hay bastante DNA del virus, lo visualizamos añadiendo un “marcador – fluorescente” que se intercala en el DNA, y nos indica si en esa muestra había RNA viral. ¿Por qué a veces el resultado es “indeterminado” y hay que repetir la prueba? Puede ocurrir que haya pocos virus o fragmentos del virus en la muestra (solo es positiva verdadera si hay más de 20 copias del virus/mL en la muestra) y que la fluorescencia no sea suficiente para dar un resultado POSITIVO. En tal caso se debe repetir la prueba para llegar a una solución dicotómica: positivo o negativo.
Un problema frecuente es que muchos enfermos superan la enfermedad, pero siguen teniendo PCR positiva, incluso semanas después de haber salido del hospital. ¿Por qué la PCR sigue siendo POSITIVA? En primer lugar debemos entender que la prueba de la PCR detecta FRAGMENTOS del VIRUS (fragmentos de RNA) pero NO virus enteros (Fig. 10).
Normalmente asumimos que la PCR equivale a virus vivos – infecciosos, lo cual no siempre es verdad. De hecho, la prueba de la PCR ha sido positiva en las heces de enfermos con Covid-19 (las heces de enfermos Covid-19 contienen fragmentos del RNA viral), pero en las muestras fecales no se ha podido cultivar virus enteros (1), ni se ha demostrado hasta ahora contagio por via fecal-oral.
La figura 2 contiene tres informaciones obtenidas en 9 pacientes con Covid-19 (A,B, y C) (1):
- En el día 5 la mitad de los enfermos tenían anticuerpos y en el día 14 el 100%. En estos meses hemos aprendido que si se determinan los anticuerpos con una técnica adecuada y en sangre venosa, casi todas las personas que han tenido Covid- 19 poseen anticuerpos (ver apartado 3, “los anticuerpos”). Esta información se ha confirmado en un estudio muy relevante de anticuerpos anti- Covid-19 realizado en Islandia y publicado el 1 de septiembre (2).
- Desde el comienzo de los síntomas, y hasta el día 8, el cultivo de virus fue POSITIVO en esas muestras en las que la PCR era positiva. Es decir, las muestras tenían virus viables, capaces de reproducirse (cultivo viral positivo).
- A partir del día 8 e incluso antes, algunas muestras PCR positivas (con fragmentos del RNA viral) mostraron cultivos virales NEGATIVOS. Es decir, esas muestras NO tenían virus viables (cultivo de virus negativos), y por tanto, en verdad no eran muestras infecciosas- contagiosas.
Por tanto, si la PCR es positiva, ¿significa que esa persona es contagiosa? No, necesariamente. PCR positiva quiere decir que en esa muestra HAY fragmentos del RNA del virus (SARS-CoV-2). Y asumimos que si “hay un fragmento del RNA del virus” à el virus está presente à esa persona es contagiosa, porque puede expulsar virus que contagien a otros. Pero hemos aprendido que a partir del día 8, si la persona ha superado la enfermedad, una PCR positiva NO indica que haya virus enteros, viables, capaces de reproducirse y de infectar a otras personas, sino que aún quedan restos del virus que no causan enfermedad.
¿En qué muestra se debe investigar si hay “fragmetos del virus”? Un estudio muy riguroso publicado el 28 de agosto 2020 concluye que la SALIVA es mejor muestra que el exudado de la nasofaringe para determinar fragmentos del virus SARS-CoV-2 (3).
En julio 2020 se ha dado a conocer un dispositivo de determiación única, desechable, para usar uno mismo, en cualquier lugar, similar a la “prueba del embarazo”, que permite saber si hay o no fragmentos del virus en muestras de saliva (Broughton JP, et al. CRISPR-Cas12-based detection of SARS-CoV-2. Nature Biotechnology, 2020;38:870-4; doi: 10.1038/s41587-020-0513-4).
