Rabadán, Raúl

Raúl Rabadán

Profesor, Departamento de Sistemas de Biología, Universidad de Columbia

Director de Genómica Matemática, Universidad de Columbia

 A. Declaración personal

Recibí mi doctorado en Física Teórica en el 2001 y comencé a realizar investigaciones en ese campo en el Laboratorio Europeo de Física de Partículas (CERN) en Suiza y en el Instituto de Estudios Avanzados (IAS) en Princeton. En el 2006 me uní al programa de Biología de Sistemas en IAS, en calidad de Martin A. y Helen Chooljian Member. En 2008 ingresé en la Universidad de Columbia, donde actualmente soy profesor titular con un nombramiento conjunto en el Departamento de Biología de Sistemas y el Departamento de Informática Biomédica y soy director del Programa de Genómica Matemática en Colombia Universidad y el centro de la Universidad de Columbia para la Topología de la Evolución y Heterogeneidad del Cáncer.

En Columbia, lidero un laboratorio altamente interdisciplinario con investigadores de las áreas de matemáticas, física, ciencias de la computación, ingeniería y medicina, con el objetivo común de resolver problemas biomédicos a través de modelos computacionales cuantitativos. Mi trabajo se centra principalmente en el desarrollo de herramientas para analizar datos genómicos, extrayendo la información relevante para entender la biología molecular, genética de poblaciones, evolución, procesos de desarrollo y epidemiología del cáncer. El impacto de las herramientas y los descubrimientos asociados se han comunicado en numerosas publicaciones, entre otros:

• Topological tools for reconstructing developmental processes using single cell transcriptomic data (Nature Biotechnology),
• The landscape of genetic alterations in gliomas, heterogeneity (Nature Genetics) and evolution under standard therapy (Nature Genetics) and immunotherapies (Nature Medicine),
• The first gene fusion in glioblastoma multiforme (Science),
• The driver mutations in leukemias (NEJM) and evolution of pediatric leukemias under therapy (Nature, Nature Genetics).

B. Puestos de trabajo

2001-2003: Fellow at the Theoretical Physics Unit at CERN (European Organization for Nuclear Research), in Geneva, Switzerland.

2003-2006: Member of Particle Physics Group at the Institute for Advanced Study, Princeton, NJ.

2006-2008: Member of The Simons Center for Systems Biology led by A. J. Levine at the Institute for Advanced Study in Princeton.

2008-2014: Assistant Professor, Department of Biomedical Informatics, Columbia University, NY.

2014-2017: Associate Professor (tenured), Departments of Systems Biology and Biomedical Informatics, Columbia University.

2015-present: Director of Center for Topology of Cancer Evolution, Columbia University.

2017-present: Professor (tenured), Departments of Systems Biology and Biomedical Informatics.

2017-present: Director of the Mathematical Genomics Program at Columbia University.

2018-present: co-leader of the Program of Cancer Genetics and Epigenetics, The Herbert Irving Comprehensive Cancer Center at Columbia University.

Reconocimientos

• Martin A. and Helen Chooljian Member at Institute for Advanced Study (2006-2008), Princeton, NJ.
• Brilliant 10 scientist in 2010, by Popular Science.
• Member of Big Think Delphi Fellows (2011).
• Fellow in the PopTech Science and Public Leadership Program, 2011.
• Steward Trust Foundation, Cancer Research Fellow (2012-2014).
• Harold and Golden Lamport Award. 2014.
• Diz-Pintado Award, VIII National Award by Centro de Investigacion del Cancer, Spain, 2018.
• Phillip Sharp Award, SU2C, 2018.

Otros

Fundador y editor jefe en Current Opinions in Systems Biology.

Revisor de Nature, Cell, Science, Nature Genetics, Nature Biotechnology, Nature Methods, Nature Medicine, eLife, Proceedings of the Natural Academ y of Sciences, Journal of Virology, PLoS Pathogens, Journal of High Energy Physics, Nuclear Physics B, Physics Letters B, Int. J. Phys. A., entre otras varias..

C. Contribuciones científicas

1. Mis intereses científicos principales están en la comprensión de la dinámica de los sistemas biológicos mediante el estudio de grandes colecciones de genomas. En esa línea, soy muy activo en la reconstrucción de las rutas principales de la evolución de los tumores, el papel de la heterogeneidad clonal y la búsqueda de alteraciones que condicionan en cada tumor la evolución y la recaída a la terapia. Mi trabajo se ha centrado sobre todo en neoplasias hematológicas y tumores cerebrales, pero se las técnicas desarrolladas han aplicado a una gran variedad de tumores.
2. Mi estudio en la genética del glioblastoma se ha centrado en la identificación de nuevos genes condicionantes (drivers) en el diagnóstico utilizando información genómica en cruces sectoriales de datos y la información clínica a gran escala.
3. De reciente interés es tratar de dilucidar el papel de RNAs no codificantes, en particular en el inicio de los tumores. Mi laboratorio ha desarrollado herramientas computacionales para reconstruir este tipo de RNAs asociados a diversos mecanismos de regulación en la célula.
4. Las enfermedades infecciosas constituyen otro tipo de sistemas biológicos, cuyos patrones de evolución son susceptibles de estudio a través de grandes colecciones de genomas. Ello se logra comparando miles de genomas, que son capaces de identificar patrones y motivos evolutivos. Por ejemplo, fuimos uno de los primeros grupos en divulgar la historia de la recombinación del virus que condujo a la pandemia de la gripe de H1N1 de 2009. En otros proyectos, estudiamos la genómica de microbios asociados a tumores.
5. Con mi formación y mucho interés en física matemática, he creado un programa activo para crear herramientas de topología y geometría utilizables para desentrañar los patrones de la evolución. Junto con topólogos algebráicos (Andrew Blumberg) hemos escrito un libro de texto sobre los enfoques geométricos y topológicos para el estudio de los procesos biológicos utilizando datos genómicos (en prensa, Rabadan y Blumberg, Cambridge University Press).